哈佛大學(xué):讓石器時(shí)代的基因組材料起死回生
突破將使探索地球的生化歷史成為可能，希望發(fā)現(xiàn)新的分子
使用古老的牙垢，Christina Warner和她的團(tuán)隊(duì)成功地重建了長達(dá)100萬年的微生物基因組。
圖片來源：維爾納西門子基金會，費(fèi)利克斯·魏
可追溯到石器時(shí)代的分子在實(shí)驗(yàn)室中復(fù)活。
這一突破只有在科學(xué)家實(shí)現(xiàn)另一個(gè)之后才成為可能 - 他們成功地重建了長達(dá)100萬年的古代微生物的基因組，哈佛大學(xué)人類學(xué)副教授，新研究的作者Christina Warinner說。“這比下一個(gè)近的重建基因組要早000萬年。
Warinner也是馬克斯普朗克進(jìn)化人類學(xué)研究所的小組負(fù)責(zé)人，他與一個(gè)跨學(xué)科的研究團(tuán)隊(duì)合作實(shí)現(xiàn)了這一壯舉。該小組的發(fā)現(xiàn)和基因組重建技術(shù)在周四發(fā)表在《科學(xué)》雜志上的一篇論文中進(jìn)行了概述。
作為生物分子考古學(xué)專家，Warner率先研究了古代牙垢，這是人體在生命中化石的部分。牙垢是一種鈣化牙菌斑，含有與人類骨骼相同的礦物質(zhì)，具有相似的考古發(fā)現(xiàn)生存潛力?！耙?yàn)樗谝粋€(gè)人的牙齒上，我們可以非常清楚地將其與那個(gè)人和他們的生活聯(lián)系起來，”Warner說。
盡管如此，刮掉古老的牙齒——“我們使用與牙醫(yī)辦公室相同的工具——你可以稱我們?yōu)榉浅＿t到的牙科保健員，”Warner說——只會產(chǎn)生高度降解的遺傳物質(zhì)片段。“一個(gè)典型的細(xì)菌基因組有3萬個(gè)堿基對長，但時(shí)間片段化了我們恢復(fù)到平均長度只有大約30到50個(gè)堿基對的古老DNA，”Warner解釋說?！皳Q句話說，每個(gè)古老的細(xì)菌基因組就像一個(gè)60萬塊拼圖，每塊牙垢都包含著數(shù)百萬個(gè)基因組。
牙垢是一種鈣化牙菌斑，含有與人類骨骼相同的礦物質(zhì)，具有相似的考古發(fā)現(xiàn)生存潛力，保存DNA數(shù)千年。
到目前為止，科學(xué)家們一直試圖通過將它們與參考基因組數(shù)據(jù)庫相匹配來了解這些基因碎片，這些數(shù)據(jù)庫總是取自當(dāng)今物種。Warner指出，該技術(shù)已經(jīng)成功使用，盡管局限性從一開始就很明顯?！澳阌肋h(yuǎn)無法以這種方式找到新物種或可能滅絕的物種，”她說，“因?yàn)槟阒荒軐⑵渑c已知的東西進(jìn)行比較。
大約三年前，Warner和她的團(tuán)隊(duì)與化學(xué)和合成生物學(xué)專家合作開展了一個(gè)“大膽創(chuàng)新計(jì)劃”項(xiàng)目——重建更新世時(shí)代細(xì)菌的基因組，并利用藍(lán)圖來恢復(fù)它們長期丟失的細(xì)菌代謝物，希望有能發(fā)現(xiàn)具有潛力的生化物質(zhì)。
為此，該小組獲得了總部位于瑞士的Werner Siemens基金會的資助，旨在加強(qiáng)社會科學(xué)和自然科學(xué)領(lǐng)域的合作。Warinner說：“我們初的目標(biāo)是在10年內(nèi)開發(fā)這項(xiàng)技術(shù)，但我們已經(jīng)達(dá)到了三年內(nèi)重要的里程碑，”他補(bǔ)充說，大流行促使人們關(guān)注計(jì)算問題解決。
研究人員從一種稱為從頭組裝的現(xiàn)有遺傳技術(shù)開始，該技術(shù)允許從測序的DNA片段中以數(shù)字方式將基因組拼湊在一起?！斑@需要你有很多數(shù)據(jù)，因?yàn)槟慊旧现丿B了這些片段，并試圖從這些片段中建立整個(gè)基因組，”Warinner說，他也是拉德克利夫研究所Sally Starling Seaver副教授的頭銜?！叭藗冋J(rèn)為這對古代DNA來說是不可能的，因?yàn)槲覀兊钠翁×?，而且太受損了。
Warner和她的合著者系統(tǒng)地測試和優(yōu)化了這項(xiàng)技術(shù)，直到他們在超短DNA片段上取得了突破。他們將從頭組裝應(yīng)用于從12個(gè)尼安德特人（可追溯到40，000至102，000年前）和34個(gè)人類（150至30，000年前）的牙垢中收獲的DNA。
這使得研究人員能夠重建數(shù)百個(gè)不同的基因組，其中大部分被發(fā)現(xiàn)是口腔細(xì)菌?！俺送ǔ５南右扇酥?，我們還能夠重建一些以前不知道的基因組，”Warner說?！耙虼?，這導(dǎo)致了新的口腔物種的發(fā)現(xiàn)。
重建的基因組對于在更新世時(shí)代的牙垢中發(fā)現(xiàn)的兩種細(xì)菌的質(zhì)量特別高。這些基因組成為進(jìn)一步研究的焦點(diǎn)，因?yàn)樗鼈儼粋€(gè)特殊的基因序列 - 稱為生物合成基因簇 - 編碼能夠產(chǎn)生大量化學(xué)物質(zhì)的酶?！斑@就是細(xì)菌如何制造真正復(fù)雜和有用的化學(xué)物質(zhì)，”Warner解釋說?！皫缀跛械膭┖驮S多藥物終都源于這種細(xì)菌生物合成基因簇。
在重建基因序列后，研究小組合成遺傳物質(zhì)并將其轉(zhuǎn)移到活細(xì)菌中，從而產(chǎn)生由古代基因編碼的生化物質(zhì)?！斑@證實(shí)了我們的程序集是正確的，”Warner說，“因?yàn)槿绻绣e誤，它根本不起作用。
接下來，勝利的研究小組計(jì)劃利用他們的技術(shù)繼續(xù)探索更新世的化學(xué)多樣性，希望終發(fā)現(xiàn)產(chǎn)生新分子的物種 - 甚至可能是抗生素?！艾F(xiàn)在我們可以擴(kuò)大這個(gè)過程，”Warner說?！巴蝗恢g，我們可以大規(guī)模擴(kuò)展我們對生化過去的理解。
